Anteriormente, quando eu usava o Automapper v3.x, era possível ignorar propriedades não mapeadas simplesmente adicionando um.IgnoreUnmappedProperties() extensão que se parecia com isso

public static class AutoMapperExtensions
{

public static IMappingExpression<TSource, TDestination> IgnoreUnmappedProperties<TSource, TDestination>(this IMappingExpression<TSource, TDestination> expression)
{
    var typeMap = Mapper.FindTypeMapFor<TSource, TDestination>();
    if (typeMap != null)
    {
        foreach (var unmappedPropertyName in typeMap.GetUnmappedPropertyNames())
        {
            expression.ForMember(unmappedPropertyName, opt => opt.Ignore());
        }
    }

        return expression;
    }
}

Como essa extensão pode ser reescrita para funcionar com a versão 5.x. É claro que posso adicionar o seguinte a cada propriedade.

.ForMember(dest => dest.LastUpdatedBy, opt => opt.Ignore())

ou não ligar

Mapper.AssertConfigurationIsValid();