Eu quero usar o KDTree do scipy.spatial para encontrar pares de vizinhos mais próximos em uma matriz bidimensional (essencialmente uma lista de listas em que a dimensão da lista aninhada é 2). Gero minha lista de listas, canalizo-a para a matriz de numpy e, em seguida, crio a instância do KDTree. No entanto, sempre que tento executar uma "consulta", inevitavelmente recebo respostas estranhas. Por exemplo, quando eu digito:

tree = KDTree(array)
nearest = tree.query(np.array[1,1])

impressões mais próximas (0,0, 0). Atualmente, estou usando uma matriz que é basicamente y = x para o intervalo (1,50), portanto, espero que eu obtenha o vizinho mais próximo de (2,2) para (1,1)

O que estou fazendo de errado, gurus escandalosos?

EDIT: Como alternativa, se alguém puder me apontar para um pacote KDTree para python que eles usaram nas pesquisas de vizinhos mais próximos de um determinado ponto, eu adoraria ouvir sobre isso.