Eu sei que "provavelmente" posso corrigi-los usando "flip -u" (cygwin flip), que basicamente remove um dos 0xd deixando o arquivo com as terminações de linha de estilo DOS (0x0d 0x0a) (é claro, tecnicamente falando, isso pode ser considerado um erro!).

Mas o outro lado é que eu gostaria de fazer isso seletivamente, garantindo que o que estou corrigindo seja realmente um arquivo "não-binário" e substituindo EXPLICITAMENTE a sequência 0x0d 0x0d 0x0a por 0x0d 0x0a ... não executando um programa de buggy que parece fazer o que eu quero (e possivelmente mais).

Observe que grep -P '\ x0d \ x0d \ x0a' e grep -P '\ x0d \ x0d' não encontram essas linhas.

Embora as pessoas digam que grep -P 'x0d \ x0a' está encontrando corretamente as terminações de linha, eu tenho que supor que algo está acontecendo, pois não pode corresponder aos outros padrões em um arquivo com terminações de linha mistas (0x0d 0x0d 0x0a )