Desenvolvi um programa no Windows com Java (FX) usando o Intellij Idea e, que funcionou bem, exportei o artefato (jar) e não houve problemas ao executá-lo no Windows (tanto com o console quanto com um clique duplo).

Copiei para a minha VM do Ubuntu, mas lá diz

Error: Could not find or load main class sample.Main

Este é o manifesto:

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: sample.Main

A estrutura do arquivo JAR é assim:

test.jar
--- META-INF
--- --- MANIFEST.MF
--- org
--- --- json
--- --- --- // json library
--- sample
--- --- Contacts.class
--- --- Controller.class
--- --- Main.class
--- --- sample.fxml