Consegui melhorar muito um código escrito em python com numpy por causa do produto dot. Agora ainda tenho uma parte do código que ainda é muito lenta. Eu ainda não entendo multithreading e se isso poderia ajudar aqui. Na minha opinião, isso deve ser possível aqui. Você tem uma boa idéia do que fazer aqui?

for x1 in range(a**l):
    for x2 in range(a**l):
        for x3 in range(a**l):
            f11 = 0
            cv1 = numpy.ndarray.sum(
            numpy.absolute(numpy.subtract(ws[x1], ws[x2])))
            cv2 = numpy.ndarray.sum(
            numpy.absolute(numpy.subtract(ws[x1], ws[x3])))
            if cv1 == 0:
                f11 += 1
            if cv2 == 0:
                f11 += 1
            re[x1][x2][x3] = 1.0*r/(a**l-2)*(numpy.product(numpy.absolute(
                        numpy.subtract((2*ws[x1]+ws[x2]+ws[x3]), 2)))-f11)
            f11 *= 1.0*(1-r)/2
            re[x1][x2][x3] += f11