O arquivo Java não existe, mas existe File.getAbsoluteFile ()

Alguém encontrou o caso quando umjava.io.File não existe, mas o chamadogetAbsoluteFile() O método na instância do arquivo retorna um arquivo que existe. E por que isso aconteceu?

Nota

Estou no Linux mais Oracle Java runtime com versão1.7.0_95-b00Eu passei em uma opção JVM-Duser.dir=/path/to/somewhere ao iniciar a instância do tomcat