Usando o controlador JavaFX sem FXML

Existe a possibilidade de usar um controlador com uma GUI JavaFX sem usar FXML.

Notei que o arquivo FXML contém umfx-controller atributo para ligar o controlador, mas não acho que seja uma maneira fácil de trabalhar com ele.

Alguma idéia sobre ter um arco MVC com JavaFX sem usar o arquivo FXML ou o JavaFX Scene Builder?