Estou chamando python do php usando o comando "exec ('python args')". Este comando não está funcionando por mais de 1 minuto, mas o python ainda está sendo executado em segundo plano e o php está interrompido. Nesse caso, algumas vezes há várias chamadas para python. Para aumentar o tempo de execução, modifiquei:

/etc/php5/fpm/php.ini : max_execution_time = 900/etc/php5/fpm/pool.d/www.conf : request_terminate_timeout=900/etc/nginx/nginx.conf : http{ fastcgi_read_timout=900;}

Se o tempo de execução for menor que 1 minuto, não haverá problemas em python e php, ambos estão funcionando.