Eu tenho um trabalho cron como este:

/usr/bin/php /var/www/website/public_html/index.php className methodName

Se eu executá-lo no terminal, ele roda, mas não gera nada. Se eu passar um nome de método errado, ele será executado com êxito. Se eu passar o nome errado da classe, ele gera um erro 404 do site.

Eu também tenho um roteamento que adiciona "en" ao URL, por exemplo

http://www.website.com/en/home/index

este poderia ser o problema?

minhas configurações do config.php são:

$config['uri_protocol'] = 'AUTO';
$config['index_page'] = '';