Eu criei um aplicativo brilhante muito grande que possui um relatório em PDF para download. O cliente solicitou seu logotipo no cabeçalho de todas as páginas do pdf. Posso obter um logotipo no pdf quando o PDF é por si só (não faz parte do aplicativo brilhante maior), mas o pandoc não consegue encontrar a imagem quando tento fazer o download do mesmo relatório exato no aplicativo brilhante. Abaixo está um exemplo de trabalho mínimo e uma lista de coisas que tentei e não consegui começar a trabalhar.smiley.png está na pasta com app.R e pode ser substituído por qualquer imagem. smiley.png é uma imagem diferente da que usei no aplicativo completo, por isso não tem nada a ver com a imagem original.

Tricotar o rmarkdown por si só funciona perfeitamente e inclui o cabeçalho. Tentar fazer o download de dentro do aplicativo brilhante causa o problema.
Eu tentei:

movendo a imagem para uma pasta chamada "images" e referenciando images \ smiley.png em vez de smiley.png. Isso falha também com o mesmo erro.referenciando /srv/shiny-server/AppName/smiley.png quando o aplicativo foi carregado no shinyapps.io. Falha ao não encontrar a imagem (mesmo tipo de erro).usando simples![Logo](smiley.png) sintaxe em vez das quatro linhas de cabeçalho. Também falhou com o mesmo erro de incapaz de encontrar o smiley.png<img src="smiley.png" /> com smiley.png na minha pasta www não funciona. Estou tricotando um pdf, não um html. pdf tricota, mas não inclui uma imagem. Apenas remove o html.usando simples![Logo](smiley.png) sintaxe com smiley.png na minha pasta www não funciona. Mesmo erro; Não consigo encontrar o smiley.png.

Meu melhor palpite é que, quando o aplicativo é executado, ele se move pelos diretórios de alguma forma e o .rmd não pode localizar a imagem. Então, o que eu preciso fazer referência para encontrar a imagem? Posso colocá-lo em uma pasta específica? Eu tentei muitas coisas diferentes e fiz muitas pesquisas, mas tive problemas para encontrar um único exemplo semelhante. Usei a pasta www que utilizo para imagens no aplicativo brilhante (não incluído abaixo), adicionando novas pastas, colocando a imagem na mesma pasta que o .rmd ... Foi um processo muito longo de pesquisa, avaliação, e erro sem sucesso.

A aplicação:

library(shiny)
ui<-shinyUI(fluidPage(
  titlePanel("Hello Shiny!"),
  sidebarPanel(
    downloadButton('downloadReport',label="Download Report")
              ),
  mainPanel(
      p("Hello")
           )
  ))

server<-shinyServer(function(input, output) {
   output$downloadReport <- downloadHandler(
      filename = function() {
           paste0('Report_.pdf')
                            },
      content = function(file) {
           src <- normalizePath('report.rmd')
           owd <- setwd(tempdir())
           on.exit(setwd(owd))
           file.copy(src, 'report.rmd')
           library(rmarkdown)
           out <- render('report.rmd',pdf_document())
           file.rename(out, file)
                               }
   )
 })

shinyApp(ui, server)#Runs the app

R markdown report.rmd:

---
title: "Test"
date: "Friday, March 04, 2016"
output: pdf_document
header-includes: \usepackage{fancyhdr}
---

\addtolength{\headheight}{1.0cm}
\pagestyle{fancyplain}
\lhead{\includegraphics[height=1.2cm]{smiley.png}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

O erro:

  C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in  
 pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source.  
 ! Package pdftex.def Error: File `smiley.png' not found.  

 See the pdftex.def package documentation for explanation.  
 Type  H <return>  for immediate help.  
 ...                                              

l.88 \end{document}  

Warning: running command 'C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from  markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in' had status 43  
Error : pandoc document conversion failed with error 43  
In addition: Warning message:  
package ‘shiny’ was built under R version 3.1.3   
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 43  
Stack trace (innermost first):  
   55: pandoc_convert  
   54: render  
   53: download$func [C:/Data/Documents/Technomic/Testing images/app.R#25]  
    5: <Anonymous>  
    4: do.call  
    3: print.shiny.appobj  
    2: print  
    1: source  

Obrigado! Espero que alguém tenha algumas idéias. Venho pesquisando e testando coisas há dias e horas.

Editar: corrigida a formatação da saída.