Eu criei manualmente um arquivo de texto chamado AAAAA.txt em c: \ windows \ System32, quando executo o seguinte código:

var sys32Files = Directory.GetFiles(@"C:\windows\System32");

Ele retorna um monte de arquivos, mas o AAAAA.txt não está nessa lista. Todas as permissões no AAAAA.txt são as mesmas que nos arquivos que são retornados.

Alguém poderia explicar qual pode ser o problema aqui?

E sim, estou executando como administrador.