O Swagger substitui as anotações de caminho

Acabei de obter o swagger para produzir um swagger.json válido. Eu configurei o swagger usando o método Application-config. No entanto, assim que eu substituir o método getClasses para adicionar os recursos do swagger, minhas classes anotadas no caminho JAX-RS param de funcionar. O método fica assim

@Override
public Set<Class<?>> getClasses() {
    Set<Class<?>> resources = new HashSet<>();

    resources.add(io.swagger.jaxrs.listing.ApiListingResource.class);
    resources.add(io.swagger.jaxrs.listing.SwaggerSerializers.class);

    return resources;
}

e invocar super.getClasses () retorna um conjunto vazio. Eu tenho muitos recursos no meu projeto, que não gostaria de adicionar manualmente.

Existe alguma maneira de o swagger não mexer com a minha configuração anterior?

Obrigado!

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