R cbind mat rápido, rix usando Rcpp
cbind
em R é relativamente demorado em chamadas repetidas, mas também é poderoso para vários tipos de dados. Escrevi código 3X mais rápido quecbind
ao ligar duas matrizes. Masbind_cols
nodplyr
pacote é apenas 100X mais rápido quecbind
. É uma pena que ela não possa tomar a matriz como entrada. Alguém pode tornar o código abaixo mais rápido. Além disso, como faço para vincular rapidamente matriz esparsa? Aqui está o código que eu usei:
require( Rcpp )
func <- 'NumericMatrix mmult(NumericMatrix a,NumericMatrix b) {
//the colnumber of first matrix
int acoln=a.ncol();
//the colnumber of second matrix
int bcoln=b.ncol();
//build a new matrix, the dim is a.nrow() and acoln+bcoln
NumericMatrix out(a.nrow(),acoln+bcoln) ;
for (int j = 0; j < acoln + bcoln; j++) {
if (j < acoln) {
out(_,j) = a(_,j);
} else {
//put the context in the second matrix to the new matrix
out(_,j) = b(_,j-acoln);
}
}
return out ;
}'
a <- matrix(rep(1,2000*100),2000)
b <- matrix(rep(2,2000*10),2000)
cppFunction(func)
system.time(for (i in seq(1,800)) {mmult(a,b)})
system.time(for (i in seq(1,800)) {cbind(a,b)})
identical(mmult(a,b),cbind(a,b))