Existe uma diferença entre desinstalar um aplicativo com .msi baseado em WiX no Painel de Controle e no próprio .msi?

Se existe o que é?

Estou perguntando pelo seguinte motivo:

A diferença é a seguinte: meu .msi armazena alguns arquivos em% PROGRAMDATA%. Se eu desinstalar do Painel de Controle, os arquivos serão desinstalados (parece que o .msi rastreia aqueles (eles são definidos como componentes)), mas quando eu abro o meu .msi e tento desinstalar (tenho uma caixa de diálogo de manutenção), arquivos não são excluídos.

Outra diferença é: eu também tenho uma Ação Personalizada para interromper meu Aplicativo, se estiver em execução, que está sendo chamado Depois = "AppSearch" no InstallUISequence e Antes = "CostFinalize" no InstallExecuteSequence, mas ao remover do .msi, ele não é sendo chamado. Apenas uma caixa de diálogo mostra que indica que há arquivos a serem excluídos, mas estão sendo usados, mas alguns processos e quando digo para interrompê-los, isso não ocorre.