Como declarar variáveis imunes a limpar tudo?

Existe alguma maneira de declarar variáveis imunes a limpar tudo no MatLab? Uma solução em que pensei foi salvar as variáveis e reabri-las sempre que eu precisar. Alguém pode pensar em uma solução mais elegante?

EDIT: Deixe-me explicar meu problema um pouco mais profundamente, o que eu deveria ter feito em primeiro lugar; Desculpe por isso.

Eu tenho que executar algumas rotinas usando algum código intermediário "caixa preta" (alguns dos quais podem ser arquivos mex). Seria bom supor que não posso me debruçar sobre esses códigos. Eu poderia alterar alguns deles, mas isso seria caro; por exemplo, não sei onde tudo está acontecendo. Eu sei que posso estar pedindo demais, mas você nunca sabe.