Bootstrap de conflito, Js de protótipo e Jquery

Após 7 dias de pesquisa e depois de tentar soluções diferentes e não funcionou, gostaria de perguntar: Eu tenho uma página com protótipo js, protaplasm e scriptaculous e jquery e Jquery-ui e estava funcionando perfeitamente com o jquery no conflito até que eu baixei recentemente um design com o Bootstrap e aqui vem o problema. As funções de protótipo js não estão mais funcionando. A atualização do protótipo js no ajax e o monitor interno, o scriptaculous, não estão mais funcionando. Eu tentei a maioria das soluções, mas realmente não obtive o resultado. Alguém tem uma solução funcional?