O projeto LibGDX não consegue encontrar a pasta de ativos

De repente, encontrei um problema no meu ambiente de construção e não consigo entender o porquê. Posso executar meu projeto perfeitamente usando o gradlew desktop: execute, no entanto, quando tento executar o projeto no Eclipse usando o botão direito do mouse em run como aplicativo de desktop (no projeto de desktop, é claro), de repente ele não consegue encontrar meu arquivo pack.atlas. Não há dúvida de que o arquivo existe. Atualizei meu projeto eclipse várias vezes e o projeto funciona bem usando a linha de comando gradle. Ontem estava funcionando bem. A única coisa que consigo pensar em fazer isso estragar foi que eu executei um comando Gradle no IDE ontem, mas não tenho certeza de como ele poderia ter sido bagunçado dessa maneira. É importante para mim resolver esse problema, pois não posso usar o depurador do Eclipse com esse erro. Alguém tem alguma ideia de por que o Eclipse não está vendo a pasta de ativos?