Habilitar autenticação para aplicativo IIS no Powershell

Eu sei como você define isso para o site IIS seguindo o seguinte comando:

Set-WebConfigurationProperty -filter "/system.webServer/security/authentication/windowsAuthentication" -name enabled -value true -PSPath "IIS:\" -location $siteName

Mas eu quero configurá-lo para os aplicativos dentro desse site. Por exemplo, eu tenho o site IIS chamado "MySite" e, dentro disso, existem dois aplicativos. Quero habilitar a autenticação do Windows para um e não para o outro. Portanto, a ativação no nível do site será ativada para ambos e é isso que eu não quero.