Como eu estou lutando há 3 dias com esse problema e já o perguntei duas vezes, mas talvez não estivesse claro, decidi investigar o problema e encontrei um comportamento de buggy com essa visão.

Vou mostrar todo o código simples, para que qualquer pessoa possa reproduzir o bug (iPad Air).

Estou definindo umcollectionView layout de fluxo que subclasse o layout para obter um espaçamento constante entre as células, e aqui está o começo:

 TopAlignedCollectionViewFlowLayout *layout = [[TopAlignedCollectionViewFlowLayout alloc] init];
 CGRect size = CGRectMake(0, 0, 900, 1200);

 self.GridView = [[UICollectionView alloc] initWithFrame:size
                                    collectionViewLayout:layout];
 [self.GridView registerClass:[GridCell class] forCellWithReuseIdentifier:@"Cell"];
 [self.GridView setDelegate:self];
 [self.GridView setDataSource:self];
 [self.view addSubview:self.GridView];

Em seguida, definir meus delegados é tão simples quanto isso: (altura é dinâmica )

#pragma grid- main functions
-(NSInteger)numberOfSectionsInCollectionView:(UICollectionView *)collectionView
{
    return 1;
}

-(NSInteger)collectionView:(UICollectionView *)collectionView numberOfItemsInSection:(NSInteger)section
{
    return 80;
}

//cell size
- (CGSize)collectionView:(UICollectionView *)collectionView layout:(UICollectionViewLayout*)collectionViewLayout
                       ,                     sizeForItemAtIndexPath:(NSIndexPath *)indexPath;
{
    //a random dynamic height of a cell 
    int a = arc4random()%300;
    CGSize size = CGSizeMake( 340,  240+a );
    return size;
}

-(UICollectionViewCell*)collectionView:(UICollectionView *)collectionView 
                cellForItemAtIndexPath:(NSIndexPath *)indexPath
{
    static NSString *cellIdentifier=@"Cell";
    GridCell *cell = [collectionView dequeueReusableCellWithReuseIdentifier:cellIdentifier 
                                                               forIndexPath:indexPath];
    cell.textL.text=[NSString stringWithFormat:@"%d",indexPath.row];
    NSLog(@"%d",indexPath.row);
    return cell;
}

Agora a subclasse, para obter um espaçamento constante: (TopAlignedCollectionViewFlowLayout)

- (NSArray *)layoutAttributesForElementsInRect:(CGRect)rect
{
    NSArray* attributesToReturn = [super layoutAttributesForElementsInRect:rect];
    for (UICollectionViewLayoutAttributes* attributes in attributesToReturn) {
        if (nil == attributes.representedElementKind) {
            NSIndexPath* indexPath = attributes.indexPath;
            attributes.frame = [self layoutAttributesForItemAtIndexPath:indexPath].frame;
        }
    }
    return attributesToReturn;
}

#define numColumns 2

- (UICollectionViewLayoutAttributes *)layoutAttributesForItemAtIndexPath:(NSIndexPath *)indexPath
{
    UICollectionViewLayoutAttributes* currentItemAttributes = [super layoutAttributesForItemAtIndexPath:indexPath];

    if (indexPath.item < numColumns) {
        CGRect f = currentItemAttributes.frame;
        f.origin.y = 0;
        currentItemAttributes.frame = f;
        return currentItemAttributes;
    }

    NSIndexPath* ipPrev = [NSIndexPath indexPathForItem:indexPath.item-numColumns 
                                              inSection:indexPath.section];
    CGRect fPrev = [self layoutAttributesForItemAtIndexPath:ipPrev].frame;
    CGFloat YPointNew = fPrev.origin.y + fPrev.size.height + 10;
    CGRect f = currentItemAttributes.frame;
    f.origin.y = YPointNew;
    currentItemAttributes.frame = f;

    return currentItemAttributes;
}

Qualquer um pode verificar e ver que, depois de rolar por um tempo, você obtém um efeito estranho de espaços em branco que são preenchidos ultimamente por suas células, algo como:

 1 2
 3 4
   6
   8

NOTA: 5-7 são carregados mais tarde.

EDIT1:

A remoção da altura aleatória do método de delegação do tamanho da célula, defina-a como altura constante, resolve esse problema.
O problema é: a altura da célula deve ser dinâmica.

EDIT2: Definir a altura aleatória (int a) como menor também faz com que o problema desapareça (<100), significa que quanto menor a altura da distância entre as células, mais provavelmente o problema não ocorrerá.

EDIT3!

Consegui definir uma distância constante entre as células, não com a subclasse do layout, mas com minha própria memória, salvando a origem e a altura da célula anterior,então eu tenho o espaçamento constante, mas o problema está de volta ! Parece que, se as células estiverem em alguma estrutura, faz com que o método de retorno de chamada que cria as células não seja chamado a tempo! uau, eu estou realmente querendo saber como ninguém tinha visto isso antes .. aqui está a minha implementação para criar espaçamento sem subclassificação, que também causam o problema:

-(UICollectionViewCell*)collectionView:(UICollectionView *)collectionView cellForItemAtIndexPath:(NSIndexPath *)indexPath
{

    static NSString *cellIdentifier=@"Cell";
    GridCell *cell=[collectionView dequeueReusableCellWithReuseIdentifier:cellIdentifier forIndexPath:indexPath];
    cell.textL.text=[NSString stringWithFormat:@"%ld",(long)indexPath.row];
    NSLog(@"%d",indexPath.row);


    if(indexPath.row>1)
    {
    NSIndexPath* ipPrev = [NSIndexPath indexPathForItem:indexPath.item-2 inSection:indexPath.section];

        float prey=[[[NSUserDefaults standardUserDefaults] objectForKey:[NSString stringWithFormat:@"y:%ld",(long)ipPrev.row]] floatValue];
        float preh=[[[NSUserDefaults standardUserDefaults] objectForKey:[NSString stringWithFormat:@"h:%ld",(long)ipPrev.row]] floatValue];


        cell.frame=CGRectMake(cell.frame.origin.x, preh+prey+10, cell.frame.size.width, cell.frame.size.height);

   [[NSUserDefaults standardUserDefaults] setFloat:cell.frame.origin.y forKey:[NSString stringWithFormat:@"y:%ld",(long)indexPath.row]];
   [[NSUserDefaults standardUserDefaults] setFloat:cell.frame.size.height forKey:[NSString stringWithFormat:@"h:%ld",(long)indexPath.row]];
    [[NSUserDefaults standardUserDefaults] synchronize];

    NSLog(@"this index:%d",indexPath.row);
    NSLog(@"this cell y:%f",cell.frame.origin.y);
   NSLog(@"this cell height:%f",cell.frame.size.height);
   NSLog(@"previous index:%ld",(long)ipPrev.row);
    NSLog(@"previous cell y: %@",[[NSUserDefaults standardUserDefaults] objectForKey:[NSString stringWithFormat:@"y:%ld",(long)ipPrev.row]]);
   NSLog(@"previous cell height: %@",[[NSUserDefaults standardUserDefaults] objectForKey:[NSString stringWithFormat:@"h:%ld",(long)ipPrev.row]]);
    NSLog(@"------------------------");
    }

    return cell;

}