Executar estruturas diferentes lado a lado com o OWIN

Minha impressão de um dos grandes benefícios do Owin é que facilita a execução de diferentes estruturas da Web lado a lado sem o IISIHttpHandler. (Isso seria enorme para distribuir fatias verticais de funcionalidade como recursos de pepita.)

No entanto, todos os tutoriais e artigos que encontro falam de coisas como auto-host e uma única estrutura. Não é disso que estou interessado, estou interessado em executar mvc, nancy, web api, talvez até formulários da web no mesmo aplicativo.

Estou errado sobre o OWIN ativar isso? Diga que eu quero

Mvc para lidar com a maioria dos pedidosWebforms para lidar com solicitações que possuem um cabeçalho version = legacyNancy para processar pedidos para / Nancy / ...

Como eu configuraria meuStartup classe para habilitar isso?