Quais são os diferentes tipos de certificado, formatos em criptografia

Estamos adicionando verificação de certificados de servidor em handshake SSL para um de nossos clientes. Sendo muito novo no mundo da Criptografia e do C, pensei em primeiro esclarecer meus conceitos sobre essas coisas e, em seguida, começar com a implementação.

Então, eu pesquisei muito procurando principalmente os conceitos de Certificados, mas não consegui esclarecer meus conceitos melhor para minha satisfação. Na verdade, acrescentou mais confusão. :)

Aqui estão algumas coisas que eu não entendo quase nada: 1. O que é o formato base64? É igual a DER? 2. O arquivo PEM sempre contém o conteúdo base64? 3. Qual é o formato usado pelo Windows Certificate Store? É binário?

Alguém por favor pode me ajudar aqui. Ficaria muito grato se essas coisas fossem liberadas para mim.

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