Então eu tentei adicionar minha dependência de arquivo .jar local ao meu arquivo build.gradle:

apply plugin: 'java'

sourceSets {
    main {
        java {
            srcDir 'src/model'
        }
    }
}

dependencies {
    runtime files('libs/mnist-tools.jar', 'libs/gson-2.2.4.jar')
    runtime fileTree(dir: 'libs', include: '*.jar')
} 

E você pode ver que eu adicionei os arquivos .jar na pasta referencedLibraries aqui:https://github.com/WalnutiQ/wAlnut/tree/version-2.3.1/referencedLibraries

Mas o problema é que quando eu executo o comando: gradle build na linha de comando eu recebo o seguinte erro:

error: package com.google.gson does not exist
import com.google.gson.Gson;

Aqui está o meu repo inteiro:https://github.com/WalnutiQ/wAlnut/tree/version-2.3.1