Até onde eu entendi até agora, toda vez que eu desenho algo no drawRect: de um UIView, todo o contexto é apagado e então redesenhado.

Então eu tenho que fazer algo assim para desenhar uma série de pontos:

Método A: desenhando tudo em cada chamada

- (void)drawRect:(CGRect)rect { 

    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();

    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);      //draw the mask
    CGContextClipToMask(context, self.bounds, maskRef);     //respect alpha mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);  //set blending mode

    for (Drop *drop in myPoints) {
        CGContextAddEllipseInRect(context, CGRectMake(drop.point.x - drop.size/2, drop.point.y - drop.size/2, drop.size, drop.size));
    }

    CGContextSetRGBFillColor(context, 0.5, 0.0, 0.0, 0.8);
    CGContextFillPath(context);
}

O que significa, eu tenho que armazenar todos os meus pontos (tudo bem) e redesenhar todos eles, um por um, toda vez que eu quiser adicionar um novo. Infelizmente, isso me causa um péssimo desempenho e tenho certeza de que há outra maneira de fazer isso com mais eficiência.

EDIT: Usando o código do MrMage eu fiz o seguinte, que infelizmente é tão lento ea mistura de cores não funciona. Qualquer outro método que eu poderia tentar?

Método B: salvar os desenhos anteriores em um UIImage e apenas desenhar o material novo e esta imagem

- (void)drawRect:(CGRect)rect
{
    //draw on top of the previous stuff
    UIGraphicsBeginImageContext(self.frame.size);
    CGContextRef ctx = UIGraphicsGetCurrentContext(); // ctx is now the image's context
    [cachedImage drawAtPoint:CGPointZero];
    if ([myPoints count] > 0)
    {
        Drop *drop = [myPoints objectAtIndex:[myPoints count]-1];
        CGContextClipToMask(ctx, self.bounds, maskRef);         //respect alpha mask
        CGContextAddEllipseInRect(ctx, CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize));
        CGContextSetRGBFillColor(ctx, 0.5, 0.0, 0.0, 1.0);
        CGContextFillPath(ctx);
    }
    [cachedImage release];
    cachedImage = [UIGraphicsGetImageFromCurrentImageContext() retain];
    UIGraphicsEndImageContext();

    //draw on the current context   
    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();
    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);          //draw the mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);      //set blending mode
    [cachedImage drawAtPoint:CGPointZero];                      //draw the cached image
}

EDIT: Afinal de contas eu combinei um dos métodos mencionados abaixo com redesenhar apenas no novo rect. O resultado é:MÉTODO RÁPIDO:

- (void)addDotAt:(CGPoint)point
{
    if ([myPoints count] < kMaxPoints) {
        Drop *drop = [[[Drop alloc] init] autorelease];
        drop.point = point;
        [myPoints addObject:drop];
        [self setNeedsDisplayInRect:CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize)];      //redraw
    }
}

- (void)drawRect:(CGRect)rect
{
    CGContextRef context = UIGraphicsGetCurrentContext();

    CGContextDrawImage(context, self.bounds, maskRef);                                              //draw the mask
    CGContextClipToMask(context, self.bounds, maskRef);                                             //respect alpha mask
    CGContextSetBlendMode(context, kCGBlendModeColorBurn);                                          //set blending mode

    if ([myPoints count] > 0)
    {
        Drop *drop = [myPoints objectAtIndex:[myPoints count]-1];
        CGPathAddEllipseInRect (dotsPath, NULL, CGRectMake(drop.point.x - drop.dropSize/2, drop.point.y - drop.dropSize/2, drop.dropSize, drop.dropSize));
    }
    CGContextAddPath(context, dotsPath);

    CGContextSetRGBFillColor(context, 0.5, 0.0, 0.0, 1.0);
    CGContextFillPath(context);
}

Obrigado a todos!