Proteção JKS

Os arquivos JKS (Java Key Store) estão criptografados? Eles fornecem proteção total para chaves de criptografia ou eu preciso confiar apenas no controle de acesso?
Existe uma maneira de garantir que as chaves estejam protegidas?

Estou interessado nos detalhes corajosos, incluindo algoritmo, gerenciamento de chaves, etc. Algum deste configurável?