Quando eu testei este pequeno script:

$str = "apple";

echo md5($str);

O resultado correspondeu ao resultado de fazer md5 usando utf8 (testado usando c #)

Devo confiar que esse sempre será o caso em qualquer outro ambiente?

Se eu onde colocar esse script em qualquer webhost, windows ou linux, ele se comportaria sempre da mesma formaUTF8 codificação?