Atualização em Massa do Mysql

Eu tenho que executar consultas de atualização ~ 6k em uma tabela através de sql (No Hibernate / JDBC). Consulta é algo como

update Um conjunto some_id = 'valor1' onde id = 'valor2'

Demora muito tempo para executar todas essas consultas. Existe uma maneira de melhorar o desempenho?