Executando um arquivo executável do Windows a partir do R com opções de linha de comando

Eu estou tentando chamar um programa do Windows chamadoAMDIS de dentro de R usando a chamada

system("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF")

a fim de realizar uma análise (especificada usando o/S switch) em um arquivo chamadoCI23_Q_120828_01.CDF, mas parece que não importa o que eu tente o arquivo não é carregado corretamente, presumivelmente porque as opções não são repassadas. Alguém tem idéia do que eu posso estar fazendo errado?

Agora este comando ou

não faz nadafaz o AMDIS aparecer, mas não carrega o arquivo que eu especificar

me dá o erro

Mensagem de aviso:

executando o comando 'C: /NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe / S C: /Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF' tinha status 65535

(Eu não tenho idéia do que resulta nesses resultados diferentes do mesmo comando)

(as opções de linha de comando do AMDIS são descritasAqui na página 8)

Felicidades,
Tom

EDITAR:
Encontrado que tinha a ver com frente vs barras invertidas - em execução

system("C:\\NIST08\\AMDIS32\\AMDIS_32.EXE C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CDF /S /E")

parece funcionar - obrigado a todos pelas sugestões!