Como posso retomar uma reescrita do histórico do git?

Estou reescrevendo a história de um repo bastante grande usandogit filter-branch --tree-filter e está levando algumas horas. Vejo que o git está usando um diretório temporário para armazenar seu trabalho intermediário à medida que avança. Isso significa que é possível retomar uma reescrita se ela for interrompida? Se sim, como?

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A operação que estou fazendo está movendo alguns diretórios. Estes estão atualmente em subdiretórios, mas agora preciso que eles estejam na raiz.

por exemplo.

dir1
- dir2
- dir3
- dir4

torna-se

dir1
- dir2
dir3
dir4

É claro que minha estrutura de diretórios é muito mais complexa do que isso, mas essa é a essência do que estou tentando fazer.

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