Eu fiz uma primeira tentativa em uma função Rcpp viainline e resolveu meu problema de velocidade (obrigado Dirk!):R: Substituindo valores negativos por zero

A versão inicial ficou assim:

library(inline)
cpp_if_src <- '
  Rcpp::NumericVector xa(a);
  int n_xa = xa.size();
  for(int i=0; i < n_xa; i++) {
    if(xa[i]<0) xa[i] = 0;
  }
  return xa;
'
cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")

Mas quando chamadocpp_if(p), sobrescreveup com a saída, que não foi como pretendido. Então eu assumi que estava passando por referência.

Então eu consertei com a seguinte versão:

library(inline)
cpp_if_src <- '
  Rcpp::NumericVector xa(a);
  int n_xa = xa.size();
  Rcpp::NumericVector xr(a);
  for(int i=0; i < n_xa; i++) {
    if(xr[i]<0) xr[i] = 0;
  }
  return xr;
'
cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")

Que parecia funcionar. Mas agora a versão original não sobrescreve mais sua entrada quando eu a re-carrego em R (ou seja, o mesmo código agora não sobrescreve sua entrada):

> cpp_if_src <- '
+   Rcpp::NumericVector xa(a);
+   int n_xa = xa.size();
+   for(int i=0; i < n_xa; i++) {
+     if(xa[i]<0) xa[i] = 0;
+   }
+   return xa;
+ '
> cpp_if <- cxxfunction(signature(a="numeric"), cpp_if_src, plugin="Rcpp")
> 
> p
 [1] -5 -4 -3 -2 -1  0  1  2  3  4  5
> cpp_if(p)
 [1] 0 0 0 0 0 0 1 2 3 4 5
> p
 [1] -5 -4 -3 -2 -1  0  1  2  3  4  5

Eu não sou o único que tentou replicar esse comportamento e encontrou resultados inconsistentes:

http://chat.stackoverflow.com/transcript/message/4357344#4357344

Oque esta acontecendo aqui?