matriz 2D numpy - Como melhorar o desempenho neste caso?
Eu vim a saber que numpy é lento para acessos de elementos individuais para uma matriz muito grande. A parte seguinte do código leva cerca de 7-8 minutos para ser executada. Tamanho da matriz é de cerca de 3000 * 3000
import numpy as np
................
................
ArrayLength=len(Coordinates)
AdjMatrix=np.zeros((len(Angles),len(Angles)))
for x in range(0, Arraylength):
for y in range(x+1, Arraylength-x):
distance=Distance(Coordinates[x],Coordinates[y)
if(distance<=radius)
AdjMatrix[x][y]=distance
AdjMatrix[y][x]=distance
Eu estou basicamente tentando construir uma matriz de adjacência para um gráfico que consiste em cerca de 3000 nós. Alguém pode me ajudar a fazer essa maneira insignificante? Ou alguma alternativa?
Edit: Aqui é a função Distance ()
Def Distance(p1,p2):
distance=np.sqrt(np.square(p1[0]-p2[0])+np.square(p1[1]-p2[1]))
return distance
A propósito, eu estou passando coordenadas como tuplas. Como em p [0] = coordenada xe p [1] = coordenada y.