Atualizando Ordens do Woocommerce Programaticamente

Eu tenho um site de comércio eletrônico rodando o Woocommerce no topo do Wordpress, e a empresa que o rodou mudou o sistema de remessa para uma empresa externa que armazena os produtos em seus armazéns e envia os produtos quando eles são comprados.

Em termos de automação, fazer o download de informações sobre novos pedidos e enviá-los para a empresa de transporte é bom, mas quando eles respondem a mim com um XML dos pedidos enviados e os números de rastreamento associados, eu preciso ter um sistema que automaticamente atualiza os pedidos (incluindo o envio dos e-mails necessários). No entanto, a única maneira que atualmente sei como fazer isso é atualizar o banco de dados MySQL. Mas com esse método, o sistema de email automatizado é substituído e ignorado.

Alguém sabe como posso atualizar os pedidos de estátuas e outras informações programaticamente, o que permitiria que as funções internas do Woocommerce fossem executadas da mesma maneira que fazer login manualmente no lado do administrador e atualizar o pedido?