Estou confuso sobre como o Python, no OS X, usa os pacotes em 'Extras' e 'site-packages'. Em particular, estou confuso sobre o que vejo nesses diretórios e como os pacotes duplicados nos diretórios se afetam mutuamente e onde devo colocar os pacotes que eu instalo.

Eu tinha assumido que 'Extras'1 era o local para pacotes que não fazem parte do núcleo do Python, mas que, no entanto, foram distribuídos com uma determinada plataforma. Por exemplo, o OS X é distribuído comPyObjC, twistedenumpy, entre outros; e estes são encontrados em 'Extras'. Eu também assumi que 'pacotes de sites'2 é onde os pacotes que eu instalo subsequentemente vão, e que o diretório está vazio ou ausente em uma máquina "nova". Além disso, eu assumi que instalar um novo pacote deixaria a versão em 'Extras' sozinha, e colocaria qualquer atualização que eu fizesse em 'site-packages', onde eles iriam "mascarar" aqueles em 'Extras'. (Por exemplo, a instalação padrão pode simplesmente ser restaurada excluindo 'pacotes de sites'.)

O que me confunde é que o conteúdo do meu diretório 'Extras' está diminuindo. Comparado com o conteúdo de uma nova instalação do OS X (10.8.2), o 'Extras' para a minha configuração atual está faltando

altgraph
altgraph-0.9-py2.7.egg-info
dateutil
macholib
macholib-1.4.2-py2.7.egg-info
modulegraph
modulegraph-0.9.1-py2.7.egg-info
numpy #though numpy-1.6.1-py2.7.egg-info is there
pkg_resources.py  # though .pyc is there
py2app
py2app-0.6.3-py2.7.egg-info
setuptools  # though setuptools-0.6c12dev_r88846-py2.7.egg-info is there
site.py  # though .pyc and .pyo are there
xattr
xattr-0.6.2-py2.7.egg-info
zope
zope.interface-3.5.1-py2.7.egg-info

e tem dois arquivos adicionais não encontrados na nova instalação

pkg_resources.py.OLD.1356069438.31
setuptools-0.6c12dev_r88846-py2.7.egg-info.OLD.1356069438.31
setuptools.OLD.1356069438.31

Para o melhor de minha lembrança, estes são todos os pacotes que eu atualizei e versões de todos estão presentes em 'pacotes de sites'.

O conteúdo do diretório 'Extras' deve "diminuir" dessa maneira? A atualização de um pacote que está em 'Extras' o "move" para 'pacotes de sites', ou as versões 'Extras' devem ser deixadas em paz e simplesmente "mascaradas" por aqueles em 'pacotes de sites'?

1:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python
2:/Library/Python/2.7/site-packages/