Estou usando o seguinte código, mas os vídeos não serão reproduzidos com o jwplayer dentro do fancybox no iOS (ipad / iphone) ... funciona bem. Compreendo que o iOS não lida com flash, mas não tenho certeza de como modificar esse código para fornecer o fallback html5 ...

<script type="text/javascript" src="scripts/jwplayer/html5/jwplayer.html5.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {

    $(".video_popup").fancybox({
    fitToView: false, // to show videos in their own size
    content: '<span></span>', // create temp content
    scrolling: 'no', // don't show scrolling bars in fancybox
    afterLoad: function () {
      // get dimensions from data attributes
      var $width = $(this.element).data('width'); 
      var $height = $(this.element).data('height');
      // replace temp content
      this.content = "<embed src='scripts/jwplayer/player.swf?file=" + this.href + "&autostart=true&amp;wmode=opaque' type='application/x-shockwave-flash' width='" + $width + "' height='" + $height + "'></embed>"; 
    }
  });