Executando um script PHP completamente no lado do servidor

Estou com um problema em que o putty é desconectado regularmente. Então, quando eu executo um script PHP do terminal, ele sempre é interrompido. O script deve rodar várias horas, então não estou tendo sorte com isso.

Como posso executar isso completamente do lado do servidor? Estou lendo sobre trabalhos do cron, mas estou tendo dificuldade em entender neste momento. Existe alguma alternativa ao cron para o que eu preciso?

Eu tenho vários arquivos PHP de script que precisam ser executados, um por um, ou talvez dois de cada vez. Alguma ideia?

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