Eu escrevi um script em Python para calcular a distância entre dois pontos no espaço 3D enquanto contabilizo as condições de contorno periódicas. O problema é que eu preciso fazer esse cálculo para muitos, muitos pontos e o cálculo é bem lento. Aqui está minha função.

def PBCdist(coord1,coord2,UC):
    dx = coord1[0] - coord2[0]
    if (abs(dx) > UC[0]*0.5):
       dx = UC[0] - dx
    dy = coord1[1] - coord2[1]
    if (abs(dy) > UC[1]*0.5):
       dy = UC[1] - dy
    dz = coord1[2] - coord2[2]
    if (abs(dz) > UC[2]*0.5):
       dz = UC[2] - dz
    dist = np.sqrt(dx**2 + dy**2 + dz**2)
    return dist

Eu então chamo a função como

for i, coord2 in enumerate(coordlist):
  if (PBCdist(coord1,coord2,UC) < radius):
      do something with i

Recentemente eu li que posso aumentar muito o desempenho usando a compreensão da lista. Os seguintes trabalhos para o caso não PBC, mas não para o caso PBC

coord_indices = [i for i, y in enumerate([np.sqrt(np.sum((coord2-coord1)**2)) for coord2 in coordlist]) if y < radius]
for i in coord_indices:
   do something

Existe alguma maneira de fazer o equivalente a isso para o caso PBC? Existe uma alternativa que funcionaria melhor?