diff retornando arquivo inteiro para arquivos idênticos

Eu tenho um site que tem um repositório do git. Eu clonei o repo para que eu pudesse desenvolver em um diretório e, em seguida, empurrar para o repositório e, em seguida, puxar o diretório live / prod (estaria interessado em sugestões para uma melhor maneira de fazer isso, se houver um, mas que está fora do âmbito desta questão).

Eu fiz o seguinte no diretório ao vivo para empurrar todas as minhas últimas alterações:

git add .
git commit -a // added a message
git push

Eu fiz o seguinte no diretório dev:

git clone git@bitbucket.org:user/repo.git

Eu então abri dois arquivos, prod / root / test.php e dev / root / test.php, e eles pareciam idênticos. No entanto, quando eu fiz o seguinte comando diff, ele produziu o arquivo inteiro:

diff prod/root/test.php dev/root/test.php

Estou tão confuso a respeito de porque o diff produziria o arquivo inteiro se eles fossem idênticos ... Eu também tentei pesquisar isso e não consigo encontrar ninguém com esse problema. Talvez seja um problema de final de linha ou um problema de codificação de caracteres em que eles tenham a mesma aparência, mas na verdade são diferentes e o git / bitbucket o converte quando você pressiona para o repo deles? Essa é a única coisa em que consigo pensar ... Ou isso, ou estou sentindo falta de algo realmente óbvio.

Aqui está a saída:

1,3c1,3
< <?
< echo '<p>Hello world!</p>';
< ?>
---
> <?
> echo '<p>Hello world!</p>';
> ?>