Esta questão já tem uma resposta aqui:

Isso pode ser uma questão noob, no entanto, em muitos tutoriais e exemplos, vi essas anotações usadas como se fizessem a mesma coisa.

No entanto, encontrei algumas limitações usando o@Named um (especialmente com injeção de dependência etc.) Eu não consegui encontrar uma fonte onde a diferença é explicada e eu ficaria muito grato se alguém pudesse dar uma visão geral sobre quando usar um ou outro.