¿Cuál es la diferencia al configurar webpack babel-loader frente a configurarlo en package.json?

Hola, por favor, ayúdame a comprender las diferencias entre configurar babel config dentro de .babelrc frente a las opciones del cargador de paquetes web, o insertarlo en package.json. Por ejemplo, ¿haría alguna diferencia si pongo los ajustes ...