Estoy usando Hibernate 4.0 con un archivo JPA persistence.xml en Tomcat 7. No Struts, solo Hibernate directo con algunos servicios de Jersey. Aquí está la excepción que estoy encontrando:

Caused by: org.hibernate.service.jndi.JndiException: Unable to lookup JNDI name [jdbc/MyDB]
    at org.hibernate.service.jndi.internal.JndiServiceImpl.locate(JndiServiceImpl.java:68)
    at org.hibernate.service.jdbc.connections.internal.DatasourceConnectionProviderImpl.configure(DatasourceConnectionProviderImpl.java:116)
    at org.hibernate.service.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:75)
    at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:159)
    at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:131)
    at org.hibernate.engine.jdbc.internal.JdbcServicesImpl.buildJdbcConnectionAccess(JdbcServicesImpl.java:223)
    at org.hibernate.engine.jdbc.internal.JdbcServicesImpl.configure(JdbcServicesImpl.java:89)
    at org.hibernate.service.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:75)
    at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:159)
    at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:131)
    at org.hibernate.cfg.SettingsFactory.buildSettings(SettingsFactory.java:71)
    at org.hibernate.cfg.Configuration.buildSettingsInternal(Configuration.java:2273)
    at org.hibernate.cfg.Configuration.buildSettings(Configuration.java:2269)
    at org.hibernate.cfg.Configuration.buildSessionFactory(Configuration.java:1738)
    at org.hibernate.ejb.EntityManagerFactoryImpl.<init>(EntityManagerFactoryImpl.java:94)
    at org.hibernate.ejb.Ejb3Configuration.buildEntityManagerFactory(Ejb3Configuration.java:904)
    ... 8 more
Caused by: javax.naming.NameNotFoundException: Name jdbc is not bound in this Context
    at org.apache.naming.NamingContext.lookup(NamingContext.java:820)
    at org.apache.naming.NamingContext.lookup(NamingContext.java:154)
    at org.apache.naming.SelectorContext.lookup(SelectorContext.java:135)
    at javax.naming.InitialContext.lookup(InitialContext.java:396)
    at org.hibernate.service.jndi.internal.JndiServiceImpl.locate(JndiServiceImpl.java:65)
    ... 23 more

Veo que la nota sobre jbc no está vinculada en este contexto, pero estoy confundido acerca de cómo está sucediendo esto. Estoy implementando mi contexto en un context.xml específico de la aplicación, a continuación:

<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<Context>
    <Resource name="jdbc/MyDB" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"
              maxActive="100" maxIdle="30" maxWait="10000"
              username="..." password="..." driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
              url="jdbc:mysql://localhost:3306/mydb"/>
</Context>

Y mi archivo persistence.xml se parece a:

<persistence xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/persistence"
             xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
             xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/persistence http://java.sun.com/xml/ns/persistence/persistence_2_0.xsd"
             version="2.0">

    <persistence-unit name="com.example.mysql" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
        <provider>org.hibernate.ejb.HibernatePersistence</provider>
        <non-jta-data-source>jdbc/MyDB</non-jta-data-source>
        <class>...</class>
        <properties>
            <property name="hibernate.connection.datasource" value="jdbc/MyDB"/>
            <property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.MySQLDialect"/>
            <property name="hibernate.id.new_generator_mappings" value ="true"/>
        </properties>
    </persistence-unit>
</persistence>

Finalmente, mi archivo web.xml tiene el recurso definido como tal:

<!DOCTYPE web-app PUBLIC
 "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD Web Application 2.3//EN"
 "http://java.sun.com/dtd/web-app_2_3.dtd" >

<web-app>
    <display-name>My Web Application</display-name>
    <resource-ref>
        <description>DB Connection</description>
        <res-ref-name>jdbc/MyDB</res-ref-name>
        <res-type>javax.sql.DataSource</res-type>
        <res-auth>Container</res-auth>
    </resource-ref>
...
</web-app>

En cuanto a mi diseño, aquí está cómo está estructurado mi archivo war:

app.war
    + META-INF
        - context.xml
    + WEB-INF
        + classes
            + META-INF
                - persistence.xml
        + lib
        - web.xml

Algunas notas menores:

Usar un contexto global frente a un contexto específico de la aplicación no hace ninguna diferencia.El código que intenta crear una instancia de EntityManager está en un archivo JAR en el directorio lib (parte de una compilación de Maven multiproyecto), pero el XML de persistencia está en la aplicación web principal como se describe anteriormente.Puedo ver la fuente de datos JNDI en Tomcat y puedo consultarla usandosonda psi, es decir, puedo acceder a la información de conexión y ejecutar consultas SQL con éxito en el origen de datos.