MongoDB (Java) - ¿Cómo ejecutar una consulta guardada en un archivo javascript?

Así que tengo muchos archivos .js que he usado antes para consultar MongoDB desde la Interfaz de línea de comandos, pero ahora quiero poder ejecutar esas mismas consultas a través de Java (estoy usando Java para respaldar una interfaz web que se basa en la información de la consulta). ¿Cómo puedo usar esas consultas de JavaScript desde el controlador Java y devolver algunos datos con los que puedo trabajar (el juego final es formatear el resultado en HTML, si eso ayuda)?

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