He creado un gráfico de mapa de calor simple conggplot2 pero debo forzar que las marcas de verificación del eje x aparezcan al final de mi variable x, en lugar de en su centro. Por ejemplo, espero que aparezca 1 en la posición de donde 1.5 es ahora. Creo que un mapa de calor hecho en Base R haría eso.

library(car) #initialize libraries
library(ggplot2)  #initialize libraries
library(reshape)

df=read.table(text= "x  y  fill
1 1 B
2 1 A
3 1 B
1 2 A
2 2 C
3 2 A
",  header=TRUE, sep=""  )

#plot data
qplot(x=x, y=y, 
      fill=fill, 
      data=df, 
      geom="tile")+  
      scale_x_continuous(breaks=seq(1:3) ) 

La idea es crear un mapa de calor simple que se vea así:

Las marcas de verificación en este gráfico se colocan al final de las barras en lugar de sus centros