Tengo el siguiente XML:

<layer-list xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android">

<item android:id="@+id/customPlayerProgressBg">
    <shape>
        <gradient
                android:startColor="#FF999999"
                android:endColor="#FF999999"
        />
    </shape>
</item>

<item android:id="@+id/customPlayerProgressSecondary">
    <clip>
        <shape>
            <gradient
                    android:startColor="#FF5C3C68"
                    android:endColor="#FF5C3C68"
            />
        </shape>
    </clip>
</item>
<item
    android:id="@+id/customPlayerProgress"
>
    <clip>
        <shape>
            <gradient
                android:startColor="#FF5C3C68"
                android:endColor="#FF5C3C68"
            />
        </shape>
    </clip>
</item>

</layer-list>

Quiero cambiar el "customPlayerProgress" y el "customPlayerProgressSecondary" por código Java. ¿Cómo se puede lograr eso?