¿Puedo usar mSysGit y el git de Cygwin?

Después de migrar a Windows, estoy usando msysgit con su shell bash incluido, y eso me está funcionando bien. Pero tengo problemas: nuestro proceso de compilación de hormigas no se ejecutará en ese shell, me gustaría usar xterms de Cygwin en lugar de la ventana de comandos de Windows, ya que la compatibilidad del terminal no es lo suficientemente buena como para ejecutar todo lo demás que me gustaría en esa ventana, y así sucesivamente.

De hecho, intenté seguir con msysgit en el shell de comandos de Windows para no tener que usar una ventana separada para compilar, pero eso tiene aún más problemas: la falta decd - y la finalización del archivo me está matando, la mayoría de los comandos que me gustaría canalizar no están presentes, etc.

Entonces, si cambio a usar el git de Cygwin, o peor, uso ambos en diferentes momentos, ¿me van a morder los finales de línea? ¿El git de Cygwin esperará que todo sea\n y creo que está viendo cambios porque mSysGit convirtió a\r\n al momento de pagar? Will Git de Cygwin echa un vistazo a\n y confundir mi Windows Eclipse, que estoy seguro quiere que todo sea\r\n?

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