¿Cómo proteger mi código fuente cuando se implementa?

¿Hay alguna forma de cifrar o encerrar mi código en mi servidor Linux después de la implementación? Sé que Zend hace algún tipo de cifrado, ¿verdad? ¿Es eso lo que usa la gente? ¿Es esto posible? ¿Cómo hago para mantener mi código seguro en línea?