Tengo un marco de datos semifundido que se ve así:

head(final_melt)

   Group       Source variable   value
 Control Whole Kidney     MZF1 0.23879
 Control Whole Kidney     MZF1 0.49381
 Control Whole Kidney     MZF1 0.40827
 Control Whole Kidney     MZF1 0.55548
 Control Whole Kidney     MZF1 0.34664
 Control Whole Kidney     MZF1 0.68102

Group tiene dos niveles (Control y Enfermedad), la fuente tiene 4 niveles (Riñón entero, Glomérulo, Tubulointerstitio y HK-2 + TGF-B). La variable también tiene cuatro niveles (TFAP2A, MZF1, YY1, SP1). Me gustaría hacer algo como lo siguiente en un bucle

d = subset(final_melt, final_melt$Source=="Whole Kidney")
qplot(data=d, Group, value, facets=.~variable, geom="boxplot")
pdf("Whole Kideny.pdf")
dev.off()

Mientras sé que podría decirfacets=Source~variable, las parcelas individuales terminan siendo demasiado pequeñas para ser informativas. Entonces necesito trazar un nivel del factor Fuente a la vez.
l problema es que ni siquiera puedo obtener elpdf() función para trabajar. Crea un archivo con el nombre correcto, pero cuando trato de abrirlo, Adobe dice que hubo un error al abrir el archivo y que ya está abierto en otra aplicación (por qué agregué eldev.off(), pero eso no parecía hacer nada).

Cualquier ayuda es apreciada.
Cheers, Davy.