Cerrar alerta de JavaScript con VBA Automation

Estoy buscando una forma de cerrar un cuadro emergente / mensaje de Javascript (es decir, no una NUEVA ventana de IE, sino una @ con scrialerta() que se carga cuando se carga una página web.

Actualmente tengo un código que carga datos en un formulario de búsqueda, ejecuta la búsqueda, recupera la información necesaria de los resultados, sale de la búsqueda y luego continúa con el siguiente elemento de la lista. En algunos casos, falta información crítica en los resultados de búsqueda. Cuando esto sucede, el JavaScript en la página muestra el mensaje cuando se carga la página, lo que le permite al usuario saber que falta información. Con la automatización, el código se detiene (espera) a que se borre el cuadro antes de continuar, y el usuario debe hacer clic en el botón Aceptar antes de que esto suceda.

(No tengo forma de cambiar el script de origen de la página directamente, ya que eso está fuera de mi alcance de responsabilidad aquí en el trabajo. Además, es más importante conservar esta funcionalidad para uso general; realmente solo beneficiaría a este pequeño -función de uso que estoy creando.)

Aunque no puedo cambiar el script de origen, he encontrado unejempl de cómo evitar que se muestre una ventana emergente / alerta cambiando el script cargado. Sin embargo, se relaciona con una página ya cargada y realmente no funciona para mí (por lo que puedo decir).

IE.Document.getElementById("clearRelItems").removeAttribute "onClick"
IE.Document.getElementById("clearRelItems").setAttribute "onClick", "return true;"

¿Es posible utilizar este método para hacer un cambioantes d la página se ha cargado completamente? es decir, ¿se puede usar para omitir / eludir de alguna manera la llamada a la función al cargar la página?

Sé sobre sendkeys, pero preferiría evitar esta opción si es posible (puedo terminar usando esta opción si no existe otra alternativa). El usuario debe iniciar esta función y luego dejarla ejecutándose en segundo plano, ya que llevará un tiempo completarla.

He buscado analizar el XML como lo sugirió @Kyle, pero no creo que sea lo suficientemente competente como para que este método funcione.

¿De qué otra forma podría evitar la alerta? ¿Hay alguna manera de activar realmente el botón Aceptar en la alerta? ¿Se puede omitir la alerta / carga de la página de otra manera?