¿Cómo obtengo un parche para ignorar los retornos de carro?

Estoy intentando aplicar un parche a un archivo con terminaciones de línea de Windows en un sistema Linux y obtengo conflictos debido a los retornos de carro en el archivo.

Los-la opción @ (ignorar espacios en blanco) no ignora los caracteres EOL. @ ¿Hay alguna forma de obtener un parche para ignorar las terminaciones de línea de estilo de Windows?