comparando dos cadenas con valores separados por comas

¿Hay alguna forma de comparar dos cadenas que tengan valores separados por comas?

Para hacerlo claro

string S1 = "a,b,c,d,e"
string S2 = "c,d"
string S3 = "a,b,e"          //where string S3 is got by subtracting S2 from S1 (S1 - S2)

Es posible hacer esto con alguna función?