Moviendo un repositorio git hasta un nivel jerárquico

regunta de principiante de @Git:

Tengo un pequeño proyecto web privado que se versiona localmente con msysgit. No hay un repositorio exterior, ya que es solo para mí, por lo que básicamente puedo hacer lo que quiera.

He tenido esta creado en el directorio del proyecto, es decir, en "Webroot".

Ahora se tuvo que crear un segundo directorio, colocado en paralelo al webroot. Llamémoslo activos.

a estructura de @So es ahora la siguiente:

\ project directory
----\webroot
----\assets

Me encantaría incluir este nuevo directorio en el repositorio de git, para que también pueda cambiar la versión de los archivos almacenados allí, pero por supuesto no puedo usar "git add ../assets". Tampoco estoy dispuesto a crear un nuevo proyecto git en project_directory, ya que esto perdería todas mis confirmaciones anteriores.

Entonces, ¿cómo hago para mover el repositorio de "webroot" a "project_directory", mientras mantengo mis compromisos y luego puedo incluir "activos"?

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