Quiero convertir un video (digamos del formato wmv a flv) mientras un usuario lo sube. Puedo convertir un video o subirlo individualmente, pero ¿cómo hacerlo de una vez?

Estoy usando ffmpeg para la conversión, como:

ffmpeg -i WMV.wmv WMV.flv

Pero no estoy seguro acerca de los pasos a seguir para convertir y subir un video. ¿Necesito usar Ajax o algo así?